Образование и становление ЮОГУ началось в 1931 году. Тогда, на основании постановления ЦК ВКП(б) было принято решение об открытии педагогического института в городе Сталинир.
Позже пединститут был реорганизован в учительский, а позже, в 1939 году, произошло восстановление в педагогический институт. В 1993 году югоосетинский институт был преобразован в университет.
Сейчас в единственном вузе Южной Осетии учатся 3077 человек. Всего в госуниверситете пять факультетов и 24 кафедры. Персонал университета насчитывает 379 человек, профессионально-преподавательский состав из них составляют 207 человек.
Здание ЮОГУ было сожжено в ходе агрессии Грузии против Южной Осетии в августе 2008 года. В 2017 году для вуза будет построено новое здание.
