Столица РЮО — город Цхинвал. Территория республики разделена на четыре административных района: Дзауский, Цхинвальский, Знаурский и Ленингорский.
Более 89,3% территории Южной Осетии находится на высоте 1000 и более метров над уровнем моря.
Рельеф горный. Высшая точка республики — гора Халаца, 3.938 метров. Главный Кавказский хребет закрывает территорию республики от холодных северных ветров, поэтому средняя температура выше, чем в среднем по Кавказу. Средняя температура января +4,5 С, июля +20,3 С. Среднегодовое количество осадков 598 мм.
Крупнейшие озера республики — Кел, Эрцо и Коз. Крупнейшие реки Южной Осетии — Большая Лиахва, Ксан, Малая Лиахва. Самое южное поселение в Южной Осетии — село Орчосан, самое западное — Переу.
